Deux éléments à prendre en considération :
1) Une MFC s'appliquera à toutes les cellules pour lesquelles tu as défini qu'elle s'appliquerait, le fait que ces cellules soient ou non visibles est tout à fait indifférent.
Il n'y a aucun lien de dépendance entre filtre et MFC, ni dans un sens ni dans l'autre.
Dans ce sens, une MFC qui ne s'appliquerait qu'aux cellules filtrées est une impossibilité.
2) Cependant si ton filtrage est, comme celui de ta feuille 2, réalisé pour filtrer une date donnée, dans ce cas, on peut détecter les doublons pour une même date, et leur appliquer une MFC, sachant qu'elle s'appliquera de la même façon aux cellules masquées, seulement tu ne les voies pas !
La formule est alors :
=SOMMEPROD(($A$2:$A$15=$A2)*($B$2:$B$15=$B2))>1
Quand tu filtres sur la date du 6 tu auras exactement ton tableau de la feuille 2.
Si tu filtres sur une autre date unique, tu auras la MFC qui s'appliquera aux doublons.
Mais si tu filtres sur 2 dates simultanées (ou plus), ce ne sera plus le cas car client5 du 6 et client5 du 7 ne sont pas doublons !
Cordialement.