Bonjour,
Comme dit @curulis ça manque un peu de concret.
Si vous utilisez VBA, il faut utiliser Range.SpecialCells(xlCellTypeVisible) pour récupérer uniquement les lignes visibles d'une plage.
En travaillant "à la main", quand vous sélectionnez une plage, si vous glissez au-dessus de cellules masquées, elles sont quand même sélectionnées. C'est comme si vous faisiez "je prends les cellules à partir de A1 jusqu'à B10". Excel ne s'embête pas à savoir si les cellules sont masquées ou non.
EDIT : il faut, une fois la plage sélectionnée, appuyer sur ALT + ; pour ne garder que les cellules visibles.
Dans les formules, c'est particulier et au cas par cas. Certaines gèrent les lignes masquées, d'autres non.