Ouf, du coup je sais d'où ça vient
la variable qui balaye les lignes et celle qui contient le nombre de lignes sont déclaré en Integer qui ne dépassent pas 32767, il faut donc les déclarer en type Long et là ça peut dérouler jusqu'à 2,147,483,647 lignes ^^
ce qui donne (juste la déclaration à changer)
Sub test()
Application.ScreenUpdating = False
Dim i, nbcells As Long
nbcells = ActiveSheet.Range("E65000").End(xlUp).Row
i = 2
While i <= nbcells And Cells(i, 5).Value <> ""
If Cells(i, 5).Value < 0.1 Then
Rows(i).Select
Selection.Delete
i = i - 1
End If
i = i + 1
Wend
Cells(1, 1).Select
End Sub