Mmmh, il reste un problème.
Typiquement quand on travaille sur des alignements les "trous" dans les séquences alignées sont représentés par des "-" (c'est du moins la convention la plus courante et celle utilisée dans les fichiers fasta, clustal et pir). Leurs positions est aussi importante que celle des lettres. Malheureusement ces "-" rendent votre formule ineffective.
Enfin j'arrive à faire ce que je voulais faire en bricolant et en utilisant votre formule. Merci bcp !