Bon, c'est un fichier chargé dans lequel je ne me retrouve pas trop. J'ai fait un TCD pour la forme (voir onglet)...
Mais pour répondre à votre problématique, j'ai surtout modifié la formule pour ne rapatrier le résultat de la recherche que sur la première ligne des doublons. La formule en L3 devient donc (merci de confirmer le résultat attendu) :
=SIERREUR(SI(NB.SI.ENS($A2:$A$3;$A3;$B2:$B$3;$B3;$C2:$C$3;$C3;$D2:$D$3;$D3;$E2:$E$3;$E3;$F2:$F$3;$F3)>0;"";RECHERCHEV(A3;'Fichier source CGECP'!$A$1:$F$1259;6;FAUX));"")