Oui je viens de vérifier, en fait tu peux sauvegarder ton fichier en manuel ou auto, cela change rien, en fait le changement a lieu pour tous tes fichiers excels et tes options restent enregistrées, que tes classeurs soient fermés ou ouverts, avec ou sans liaison, cela ne change rien.
Donc pour ne pas avoir le problème, dans ton classeur où tu passes en manuel, ce n'est pas à la réouverture de celui ci, qu'il faut réactiver le calcul auto, mets à sa fermeture comme tu l'avais suggéré au départ.
Mais plutôt que de mettre ton instruction juste après celle pour fermer ton classeur, mets la toujours dans la partie ThisWorkBook, mais dans un évènement
Private Sub Workbook_BeforeClose(Cancel As Boolean)
Cela devrait rétablir le calcul auto, pour tes autres classeurs.
Cordialement,