Bon j'ai trouvé, si jamais quelqu'un a le même soucis.
il faut créer une procédure d'import dans une des 2 bases de donnée et la lancer depuis excel grâce à la macro suivante:
Sub ExécuterMacroAccess()
Dim MonAccess As New Access.Application
MonAccess.OpenCurrentDatabase "h:\MaBDD.mdb" 'Ici le chemin de la BDD Access
MonAccess.Run "Importer", "éventuelArgumentDeLaFonction" 'Ici le nom de la macro
MonAccess.Quit acquitsaveNone
Set MonAccess = Nothing
End Sub