Je ne savais pas que ça bloquait avec les lignes masquées.
Il y a cette option :
Sub AutofitVisible()
Dim plage as range, rvisible as range
Set plage = range("marangeàautofiter") 'la plage concernée
Set rvisible = plage.specialcells(xlCellTypeVisible) 'la partie visible de la plage
rvisible.rows.autofit 'autofit sur lignes de partie visible
End sub