Ahh, je voie.
En fait, tu étais presque au bon résultat. Il faut se servir de ton compteur de différence pour incrémenter le numéro de la ligne à remplir.
Ce qui donne :
f3.Cells(cpt + 3, j) = f2.Cells(i, j).Value
au lieu de :
f3.Cells(i, j) = f2.Cells(i, j).Value